Bereits im Jahre 2003 wurde damit begonnen, eine neue Rechtsform für die Bibliothek zu finden und die bis­herige geteilte Trägerschaft in eine einheitliche zu überführen. Nach intensiven und nicht immer spannungsfreien Ver­handlungen zwischen den Freunden und Förderern der Bibliothek und der Stadt Wetzlar wurde ein Modell entwickelt, das die Übergabe der Bibliothek an einen neuen Träger beinhaltet, dem die Stadt für die Erfüllung der Kernaufgaben denjenigen Finanzbetrag zuweist, den die Stadt in den Jahren zuvor für diese Einrichtung getragen hat.

Da die Phantastische Bibliothek mit ihrem umfangreichen Angebot sowohl Landesaufgaben erfüllt als auch die regionale Wirtschaft in Sponsorkonzepte einbindet, sind diese Bereiche in der Vergangenheit nicht über die Stadtverwaltung und den städtischen Haushalt, sondern über den Förderkreis und die Phan­tastik-Stiftung abgewickelt worden. Diese Kon­struktion mit geteilter Verantwortlichkeit, die in den Anfängen der Bibliothek sinnvoll und praktisch war, führte zuletzt zu großen Synergieverlusten und Unklarheiten in der Verantwortung nach außen und zeigte sich für die gewachsene Bedeutung der Bibliothek als nicht mehr zeitgemäß. Als neuer Träger wurde am 14. Februar 2006 die Stiftung bürgerlichen Rechts mit dem Namen »Phantastische Bibliothek Wetzlar« errichtet. Dazu haben 19 Personen sowohl aus Wetzlar und Umgebung als auch aus ganz Deutschland aus ihrem privaten Vermögen Stiftungskapital eingebracht, so dass gemeinsam mit der bereits vorhandenen Stiftung sowie 24 weiteren mittlerweile eingestiegenen Stiftern aktuell ein Vermögen von rund 1,4 Mio. Euro zur Verfügung steht.